深圳大学生物医学工程学科于2005年创立，并成立生物医学工程系，归属信息工程学院。2015年成立生物医学工程学院，归属医学部。经过19年的快速发展，学院形成了“本-硕-博”完整的人才培养体系，拥有生物医学工程一级学科硕士、博士点（学术型），生物医学工程领域硕士、博士点（专业型），以及生物医学工程博士后流动站。2016年教育部第四轮学科评估B，本学科并列全国15名，2019年首批入选国家级一流本科专业建设点，2022年教育部第五轮学科评估B，2023年软科排名全国第19名，并进入软科世界一流学科排名前50名。

       学院现有专任教师62人，70%以上具有海外留学或工作经历，学缘结构国际化，教师队伍年轻化，90%以上是深圳市高层次人才计划获得者。专任教师中包括俄罗斯工程院外籍院士1名、国家级专家1名、AIMBE Fellow 1名、教育部教指委委员1名、国家特殊津贴专家1名、国家级青年人才7名、入选全球前2%顶尖科学家榜单（2023版）14人、珠江青年学者1名、广东省青年拔尖人才2名等。学院现有教研实验室面积8000余平米，设备总价值近2亿元。建设了1个国家级科研平台、3个省级科研平台、1个省级教学示范中心。学院立足深圳，依托大湾区高端医疗器械产业集群的优势，为国家医疗健康事业输送行业领军人才。学院聚焦医工交叉，成果转化影响深远，在体外诊断、超声成像、生命信息监护、人工智能医疗等方向研发高端医疗设备和专用软件，多项成果实现转化。