深圳大学生物医学工程学科于2006年创立，并成立生物医学工程系，归属信息工程学院，2007年开始招收研究生，2008年开始招收本科生。2009年生物医学工程系合并到新成立的医学院，2015年成立生物医学工程学院。学院下设医疗电子、医学信息工程、医学检验技术、分子影像四个系。学院现有专职教师60人：教授21人、副教授16人、讲师23人；教辅人员10人：高级实验师1人，实验员4人，行政人员5。学院有在读本科生340人，在读研究生380人。

       在学科带头人陈思平教授的带领下，生物医学工程学科发展迅速，先后建立了深圳市生物医学工程重点实验室（2006年）、生物医学工程一级学科硕士点（2006年）、广东省生物医学信息检测与超声成像重点实验室（2011年）、医学超声关键技术国家地方联合实验室（2011年），并于获批广东省优势重点学科（2012年），生物医学信息处理二级学科博士点（2015年）和生物医学工程一级学科博士点（2017年）、获批生物医学工程博士后科研流动站、并入选国家级一流本科专业建设点（2019年）。近三年，承担各级科研项目近百项，研究经费合计超亿元，经费充足；科研设备总值近亿元。